Der auf dem Roman “Die Borowski-Herrschaft” basierende Thriller aus dem Jahr 2004 ist der zweite von bisher drei Teilen der “Jason Bourne”-Reihe. Dieser Teil spielt unter anderem in Berlin. Dazu wurden die Hotelszenen im Westin Grand Berlin gedreht. Lustigerweise sind auch die im Film in Amsterdam spielenden Szenen, in denen Nicky vom CIA abgeholt wird in Wirklichkeit in Berlin-Charlottenburg gedreht worden. Ein Teil der Filmcrew hat in Berliner Ferienwohnungen gewohnt. Nachdem der titelgebende Held, ein ehemaliger Agent des US-Geheimdienstes CIA, der durch einen missglückten Auftrag sein Gedächtnis verlor, im ersten Teil seine Verfolger scheinbar abgeschüttelt und mit seiner Freundin Marie, gespielt von Franka Potente, in Indien untergetaucht war, wähnt sich Jason, gespielt von Matt Damon, in Sicherheit. Nach einem Anschlag auf sein Leben, bei welchem Marie erschossen wurde, sinnt Bourne auf Rache.
Was er nicht weiß: Bei einer CIA-Operation unter der Leitung von Pamela Landy (Joan Allen) wurden seine Fingerabdrücke gefunden, ihm wurde der Mord an zwei Personen zugeschoben. Diese beiden sollten einen Deal mit russischen Verbindungsleuten abwickeln.
Landy setzt sich auf der Suche nach dem Täter mit den Leitern des “Treadstone”-Projekts in Verbindung und kann die bis dahin unbekannten Fingerabdrücke Bourne zuordnen. Dieser hört ein Gespräch von Landy ab, nachdem er in Neapel festgenommen wurde. Nach seiner Fahrt in die deutsche Hauptstadt kontaktiert Jason Bourne den CIA und will sich mit Nicolette „Nicky“ Parsons (Julia Stiles), seiner alten Kontaktperson treffen. Er erfährt, ungesehen vom Observationsteam, dass der Grund für die Berliner Transaktion die Ermordung des russischen Politikers Vladimir Neski war, der beweisen konnte, dass der CIA Gelder veruntreute.
Bourne erkennt, dass er bei seinem ersten Auftrag eben diesen Vladimir Neski tötete, auf Anweisung seines korrupten Vorgesetzten, Ward Abbott (Brian Cox). Diesen spürt Bourne in seinem Hotel auf und nimmt ein erzwungenes Geständnis auf Kasette auf. Nachdem Bourne weg ist, begeht Abbott vor Pamela Landys Augen Selbstmord.
Bourne ist inzwischen in Moskau, wird dort jedoch von Kiril (Karl Urban), der bereits Marie tötete und der Moskauer Polizei gejagt. Nach einer Autoverfolgungsjagd, die tödlich für Kiril endet, findet Bourne Neskis inzwischen erwachsene Tochter und erzählt ihr die wahre Geschichte über den Tod ihres Vaters.
Später erhält Pamela Landy in ihrem Büro Abbotts Geständnis und nennt Boure seinen richtigen Namen: David Webb.